La microscopìa endoteliale è un esame dell'occhio che studia la morfologia ed il numero delle cellule dell'endotelio, lo strato più profondo della cornea. La microscopia endoteliale è un esame non invasivo che si effettua con un microscopio dotato di un sistema di acquisizione di immagini il quale fotografa l'endotelio permettendo lo studio della densità cellulare e della morfologia delle cellule dell'endotelio. La microscopia endoteliale, ovvero la conta delle cellule endoteliali, è utile per studiare la cornea nella preparazione per interventi di cataratta e di chirurgia refrattiva, come per il monitoraggio dopo le operazioni, ma anche per lo studio di tutte le patologie che coinvolgono la cornea.